چالش‌های ایجاد اکوسیستم داده در یک نظام اقتصادی یا بخشی از زنجیره ارزش نظام اقتصادی را می‌توان به دو دسته کلی چالش‌های ناشی از الگوی مدیریت دانش در بنگاه و چالش‌های ناشی از ملاحظات امنیت و حکمرانی داده تقسیم کرد.

چالش‌های ایجاد اکوسیستم داده در یک نظام اقتصادی یا بخشی از زنجیره ارزش نظام اقتصادی را می‌توان به دو دسته کلی چالش‌های ناشی از الگوی مدیریت دانش در بنگاه و چالش‌های ناشی از ملاحظات امنیت و حکمرانی داده تقسیم کرد.

چگونه الگوی مدیریت دانش تبدیل به مانعی بر سر راه شکل‌گیری اکوسیستم داده می‌شود؟
میزان تمایل و گرایش بازیگران و نقش‌آفرینان زنجیرۀ ارزش به مشارکت در شکل‌دهی اکوسیستم داده، به طور مستقیم متاثر از الگوهای تصمیم‌سازی و تصمیم‌گیری آنان است. ظرفیت‌های نظام مدیریتی و کارشناسی هر بنگاه برای استفاده از این داده‌ها، نه فقط به طور مستقیم در تصمیم‌گیری، بلکه هم زمان در ارتقای کارایی فرآیندهای تصمیم‌سازی و تصمیم‌گیری، تعیین می‌کند که شکل‌گیری اکوسیستم داده تا چه اندازه بر کارایی بنگاه خواهد افزود و این پتانسیل ارتقای کارایی تعیین می‌کند که بنگاه و مدیرانش آماده پذیرش چه سطحی از ریسک و هزینه برای مشارکت در شکل‌گیری اکوسیستم داده هستند.
پیش تر در یادداشت های پست نوین دیده‌ایم که ایجاد اکوسیستم داده و استفاده از ابزارهای تصمیم‌سازی و تصمیم‌گیری مبتنی بر داده به طور مشخص موجب ارتقای سطح عملکرد سازمان در سه حوزه کلیدی زیر می‌شوند:
الف) پیش‌بینی تقاضا و بهینه‌سازی طراحی محصول
ب) مدیریت ریسک در زنجیرۀ تامین
ج) برنامه‌ریزی و مدیریت استراتژیک
هر اندازه بنگاه‌ها ظرفیت‌ها و امکانات بیشتری برای ارتقای عملکرد خود در سه حوزه فوق داشته باشند از آمادگی بیشتری برای مشارکت در توسعه یک اکوسیستم داده برخوردار هستند. اما ارتقای سیستماتیک ظرفیت بنگاه در این سه حوزه خود نیازمند وجود رویه‌های مصرح و استاندارد شده تصمیم‌سازی و ارتقای کارایی و اثربخشی این فرآیندها با اتکا بر مدیریت دانش است.
تا زمانی که الگوی غالب در مدیریت بنگاه اداره سه حوزه اساسی فوق را از جنس «فوت و فن» می‌بیند، نمی‌توان امیدی به شکل‌گیری یک مدیریت سیستماتیک در بنگاه و حرکت بنگاه به سمت مشارکت در ایجاد توسعه اکوسیستم داده و مدل کسب و کار شبکه‌ای داشت.

چالش زیرساخت‌های مدیریتی ناکافی
متاسفانه در کشور ما ایران، مشکل در بسیاری از موارد عمیق‌تر از این‌هاست. در فقدان نظام‌های استاندارد مدیریت عملکرد و در شرایطی که عملکرد بنگاه صرفا از دریچه تنگ سود خالص در صورت‌های مالی ارزیابی می‌شود؛ طبیعی است که مدیران ارشد و مالکان بنگاه تمایلی به سرمایه‌گذاری در زیرساخت‌های مورد نیاز برای ارتقای ظرفیت بنگاه در سه حوزه مذکور نداشته باشند و به طور طبیعی به مشارکت در توسعه اکوسیستم داده نیز متمایل نباشند.
در این‌جا البته ذکر این نکته ضروری است که هدف تمام این فعالیت‌ها در نهایت ارتقای سودآوری کوتاه مدت و درازمدت بنگاه است؛ اما، سودآوری به تنهایی شاخص مناسبی برای راهنمایی مدیران و کارشناسان به سوی تصمیمات سودمند و ارزش‌آفرین نیست. در مقام قیاس، محدود کردن شاخص راهنمای سنجش تصمیمات، به اثرات آنی تصمیمات بر سوددهی شرکت، مانند این است که بازیگران یک تیم فوتبال در تمام طول بازی نگاه خود را تنها بر خط دروازه حریف متمرکز کنند و هیچ تحول دیگری را در زمین بازی مورد توجه قرار ندهند.
 ایجاد ظرفیت مدیریتی مورد نیاز برای مشارکت در ایجاد و توسعه یک اکوسیستم داده، نیازمند زیرساخت‌هایی هم‌چون نظام مدیریت عملکرد و نظام مدیریت دانش متناسب در درون سازمان است.

چالش‌های حکمرانی و امنیت داده
حتی با فرض فراهم شدن زیرساخت‌های مدیریتی در درون شرکت‌ها، موضوع به اشتراک‌گذاری اطلاعات و بهره‌برداری مشترک از آن‌ها نیاز به زیرساخت‌های مشترک نسبتا پیچیده‌ای دارد تا امنیت و سلامت و کارایی روند تبادل و به اشتراک‌گذا‌ری اطلاعات تضمین شود.
شاید اگر یک دهه قبل می‌خواستیم چنین چالش‌هایی را برطرف کنیم دغدغه شمارۀ یک ما، دسترسی به فناوری مناسب بود؛ اما در عصر ما به لطف فناوری‌هایی همچون زنجیره بلوکی و قراردادهای هوشمند و بانک‌های اطلاعاتی توزیع شده، فناوری در حل این مسئله چندان چالش بزرگی محسوب نمی‌شود.
غلبه بر چالش‌های حکمرانی و امنیت داده در حال حاضر، به ویژه در کشور ما، نیازمند زیرساخت‌های قانونی و حقوقی و هماهنگی‌های مدیریتی و تجاری بین‌بخشی و پس از آن نیازمند سرمایه‌گذاری در پلتفرم‌هایی است که امکان استفاده از فناوری‌های مورد اشاره را به سهولت و با کارایی و امنیت بالا برای مالکان داده‌ها و مشارکت‌کنندگان در توسعه اکوسیستم داده فراهم کند.